Synechocystis sp. PCC 6803をはじめとして、続々とシアノバクテリアのゲノムプロジェクトが進行している。その理由は、
→解説:シアノバクテリアとは? 資料:シアノバクテリアの分子系統樹
全ゲノム解析が終了した種
種名 | 解析組織 | 特徴 |
Synechocystis sp. PCC 6803 | 日・かずさ | Kaneko et al. (1996) DNA Res 3: 109-136. 3,573,470 bp プラスミド7種 単細胞性球菌(淡水性) 通性光独立栄養増殖(グルコース利用) 自然形質転換型 Twitching運動性+走光性 |
Thermosynechococcus elongatus BP-1 | 日・かずさ | Nakamura et al. (2002) DNA Res. 9:
123-130. 2,593,857 bp プラスミドなし 単細胞性桿菌(淡水性) 自然形質転換可能 好熱性(生育至適温度:57℃) |
Anabaena sp. PCC 7120 | 日・かずさ | Kaneko et al. (2001) DNA Res. 8:205-213. Ohmori et al. (2001) DNA Res. 8: 271-284. 6,413,771 bp プラスミド6種 非分枝型糸状性球菌(淡水性) 窒素固定型=ヘテロシスト形成 絶対光独立栄養増殖 非運動性? 接合による形質転換可 |
Gloeobacter violaceus PCC 7421 | 日・かずさ | Nakamura et al. (2003) DNA Res. 10:137-45. 4,659,019 bp プラスミドなし チラコイド膜をもたず、細胞膜で光合成をする 系統的にもっとも古く分岐 絶対光独立栄養増殖 形質転換不明 |
Synechococcus sp. PCC 6301 | 日・名古屋大 | 約2.7 Mb 単細胞性桿菌(淡水性) 絶対光独立栄養増殖 接合による形質転換可 生化学研究に適している |
Prochlorococcus marinus MED4 | 米・JGI | Rocap et al. (2003) Nature. 424:1042-7 1,657,990 bp ジビニルクロロフィルa/bをもつ海洋性シアノバクテリア 強光適応型、貧栄養増殖型(oligotrophic) 海洋に広く分布し、生態学的に重要 形質転換は困難? 原緑藻(Prochlorophyte)として、独立させる意見もあるが、分子系統的には、シアノバクテリアの一種である。 |
Prochlorococcus marinus MIT9313 | 米・JGI | Rocap et al. (2003) Nature. 424:1042-7 2,410,873 bp 弱光適応型 |
Synechococcus sp. strain WH8102 | 米・JGI | Palenik et al. (2003) Nature. 424:1037-42. 2,434,428 bp Prochlorococcus marinusと近縁の海洋性シアノバクテリア swimming運動性 形質転換可能 |
Prochlorococcus marinus SS120 | 仏・Genoscope | Dufresne et al. (2003) Proc Natl Acad Sci U S A. 100:10020-5. 1,751,080 bp 弱光適応型 |
進行中(draft search可)
種名 | 解析組織 | 特徴 |
Anabaena variabilis ATCC 29413 | 米・JGI | 非分枝型糸状性球菌 窒素固定型=ヘテロシスト形成 接合による形質転換可 |
Nostoc punctiforme ATCC29133 | 米・JGI | 約9 Mb PCC 73102由来 非分枝型糸状性球菌 窒素固定型=ヘテロシスト形成 通性光独立栄養増殖(グルコース、スクロース、フルクトース利用) Akinete(休眠胞子)、ホルモゴニア(連鎖体)を形成 gliding運動性(ホルモゴニア) ソテツ(裸子植物)などと共生、水素発生能 酸性・嫌気・低温耐性 |
Trichodesmium erythraeum IMS 101 | 米・JGI | 糸状性球菌 海洋性 窒素固定型=ヘテロシスト非形成 |
Crocosphaera watsonii strain WH8501 | 米・JGI | 単細胞性球菌 分化せずに窒素固定 |
Synechococcus sp. PCC 7942 | 米・JGI | 単細胞性桿菌 約2.7 Mb、淡水性 絶対光独立栄養増殖 形質転換型 遺伝子破壊、外来遺伝子の発現、生化学研究に適している。 |
Synechococcus sp. PCC 7002 | 米・ペンシルベニア州立大 | 約2.7 Mb 単細胞性、汽水性? 通性光独立栄養(グリセロール) 自然形質転換型 他のSynechococcus とは系統的に離れている。 |
進行中(draft search不可)
種名 | 解析組織 | 特徴 |
Spirulina (Arthrospira) platensis | 中国・BGI | 約5.4 Mb 好アルカリ性 絶対光独立栄養増殖 形質転換はまだ成功していない。 |
Microcystis sp. PCC 7806 | 仏・パスツール研究所 | 約3.15 Mb 淡水性 いわゆる「アオコ」の原因生物。 |
Aphanothece halophytica | 日・名城大 | 好アルカリ性 |
[関連する光合成生物のゲノムプロジェクト]
1.光合成古細菌 Halobacterium
NRC-1 2,571,010 bp 好塩古細菌
Thorsson et al. (2000) Pro. Natl. Acad. Sci. USA 97: 12176-12181.
2.光合成細菌 Chloroflexus aurantiacus J-10-fl 5 Mb 緑色非イオウ細菌
Chlorobium tepidum TLS 2,154,946 bp 緑色イオウ細菌
(Eisen et al. (2002) Pro. Natl. Acad. Sci. USA 99: 9509-9514)
Heliobacillus
mobilus 4.2 Mb (4500ORFs)完了、非公開
Thermochromatium tepidum MC ATCC 43061
Rhodopseudomonas
palustris 5,497,712 bp 紅色非イオウ細菌
Rhodobacter
sphaeroides 4.34 Mb 紅色非イオウ細菌
Rhodobacter
capsulatus 3.7 Mb 紅色非イオウ細菌
Rhodopseudomonas gelatinosus
3.藻類 Cyanidioschyzon
merolae 16,520,305 bp 紅藻
(Matsuzaki et al. (2004) Nature 428: 653-657)
Chlamydomonas reinhardtii cDNAプロジェクト 緑藻
4.植物 Arabidopsis
thaliana (シロイヌナズナ) 100
Mb(2000年完了)
Oryza
sativa (イネ) 430
Mb
Lotus
japonicum (ミヤコグサ)
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